Les dossiers de demande de CEE sont instruits par la DRIRE à laquelle est rattachée le siège de l'entreprise demandeuse.  Les pièces  à fournir sont précisées dans l'arrêté "dossier de demande".
Les dossiers sont traités par les services de la DRIRE qui disposent d'un temps réponse de 3 mois pour les dossiers ne comprenant que des actions standardisées, de 6 mois pour un  dossier comprenant des actions spécifiques. Dans tous les cas, le dossier cevra comprendre au minimum 1 GWh cumac pour être traité.
A titre d'exemple, voici le dossier de demande type proposé par la DRIRE Île-de-France accompagné du mode d'emploi.